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                        牛北方
                    
      
                    
      
                        
      
                            牛北方
                        
      
                        
      
                            博士生導師
                        
      
                    
      
                
      
                
      
                    
      
                        
      
                            
      
                                
      
                                    
      崗位：研究員
      
                                    
      職務：高性能計算部副主任
      
                                    
                                
      
                            
      
                        
      
                        
      
                            
      
                                
      
                                    
      所屬部門：高性能計算技術與應用發(fā)展部
      
                                    
      學歷：博士研究生
      
                                
      
                            
      
                        
      
                        
      
                            
      
                                
      
                                    
      郵箱：niubf@cnic.cn
      
                                    
      通訊地址：
      
                                
      
                            
      
                        
      
                    
      
                    
      
                        
      學科專業(yè)（學術型/專業(yè)型）：計算機軟件與理論，計算機技術
      
                        
      招生方向：
      高性能計算與生物信息學、精準醫(yī)學
      
                    
      
                    
      
                        
      承擔科研項目等情況
      
                        
      
                            
      

      主持國家重點研發(fā)計劃課題、國家自然科學基金面上、國家自然科學基金重大研究計劃、中國科學院先導專項等10余項課題/項目，在Nature、Nature Genetics等期刊發(fā)表論文70余篇，總被引用30000余次。代表性算法體系MSIsensor在2017年獲得美國FDA批準，被國際上700余個臨床研究項目所應用。曾獲2015年美國10大臨床研究成就獎（排名：8/33），入選2022年美國斯坦福大學發(fā)布的“全球前2%科學家榜單”。
      

      
                        
      
                    
      
                    
      
                        
      代表論著
      
                        
      
                            
      [1]. XiaoliShi, …, Beifang Niu#, Jun Xiao#, Junming Li#, Hong Qing Ling#. (2022). Comparative genomic and transcriptomic analyses uncover the molecular basis of high nitrogen-use efficiency in the wheat cultivar Kenong9204. Molecular Plant, 15(9):1440-1456. (#co-corresponding authors)

      [2]. Xinyin Han*, Shuying Zhang*, …, Li Ding#, Beifang Niu#. (2021). MSIsensor-ct: microsatellite instability detection using cfDNA sequencing data. Briefings in Bioinformatics, 22(5): bbaa402. 
      

      [3]. The ICGC/TCGA Pan-Cancer Analysis of Whole Genomes Consortium. (2020). Pan-cancer analysis of whole genomes. Nature, 578(7793): 82-93.
      

      (#Beifang Niu was a member of TCGA Consortium) 
      

      [4]. Zekun Yin, …, Weiguo Liu#, Beifang Niu#. (2019, November). DGCF: A Distributed Greedy Clustering Framework for Large-scale Genomic Sequences. IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM): 2272-2279. 
      

      [5]. Beifang Niu*, Adam D. Scott*, Sohini Sengupta*, …, Feng Chen#, Li Ding#. (2016). Protein-structure-guided discovery of functional mutations across 19 cancer types. Nature Genetics, 48(8): 827-837.
      

      [6]. Beifang Niu*, Kai Ye*, …, Michael C. Wendl, Li Ding#. (2014). MSIsensor: microsatellite instability detection using paired tumor-normal sequence data. Bioinformatics, 30(7):1015-1016.
      

      [7]. Cyriac Kandoth*, Michael D McLellan*, Fabio Vandin, Kai Ye, Beifang Niu, …, Li Ding#. (2013). Mutational landscape and significance across 12 major cancer types. Nature, 502 (7471): 333-339.
      

      [8]. Beifang Niu, Limin Fu, Shulei Sun, Weizhong Li#. (2010). Artificial and natural duplicates in pyrosequencing reads of metagenomic data. BMC Bioinformatics, 11:187.